（二）继续深化改革、启动创新工程、进入快速发展时期（1988年1月—2008年8月）
　　1987年以来，兰州分院及院属各所全面贯彻《中共中央关于科学技术体制改革的决定》和中国科学院“一院两种运行机制”、“结构性调整”的方针，顺应改革开放潮流，开始由计划经济向市场经济转变，从学科方向、科研体制、人员结构和分配制度，进行了一系列重大的改革。研究所的研究经费来源，由单一的国家事业费拨款改为基金制和合同制，逐渐变为国家纵向拨款与研究所同产业部门、地方与企业进行广泛的合作、取得横向经费的多元投资结构，研究所的活力大大增强。实现了“把主要力量动员和组织到为国民经济和社会发展的主战场，同时保持一支精干力量从事基础研究和高技术创新”的目标，走上了既瞄准国际学科前沿，又面向经济建设和社会发展的新路，开创了建院以来事业最兴盛、科研成果最丰硕的新时期。
　　这期间，1997年12月中科院决定兰州文献情报中心更名为资源环境科学信息中心。随着科技体制改革的逐步深入，学科布局的需要，1999年6月14日，经中科院党组批准，将兰州冰川冻土研究所、兰州沙漠研究所、兰州高原大气物理研究所整合为中科院寒区旱区环境与工程研究所。2004年10月9日，兰州地质所整合到中国科学院地质与地球物理研究所（北京），更名为中科院地质与地球物理研究所兰州油气资源研究中心，为副所（地）级建制，直属中科院地质和地球物理研究所管理。2006年1月，经中科院党组批准，中科院资源环境科学信息中心体制改为中国科学院国家科学图书馆兰州分馆，为副所（地）级建制，隶属中国科学院国家科学图书馆管理。
　　1997年12月，中科院向中央报送《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》报告，中央批准了中国科学院关于建设国家创新体系的方案，按照党中央和国务院的部署，1998年启动“知识创新工程试点工作”。按照“面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始性科学创新，加强关键性技术创新与集成，攀登世界科技高峰，为我国经济建设、国家安全和社会可持续发展，不断做出基础性、战略性、前瞻性的重大贡献”的新时期办院方针，兰州分院各所面向国家的需求，对学科方向进行大幅度的调整，进一步凝练科技目标，明确战略定位，规划中长期发展蓝图，经过各所不懈努力，于2002年寒旱所、近物所、化物所、青海盐湖所、西北高原生物所、资源环境科学信息中心、地质所先后整体进入知识创新工程试点。分院机关也以综合处（办公室）、人事教育处、院地合作处等三个处（室）、19位职工愉快上岗，一支高效、精干的队伍进入了创新行列。从此，兰州分院进入飞速发展的快车道。截止目前，兰州分院系统院属单位有近代物理研究所、兰州化学物理研究所、寒区旱区环境与工程研究所、青海盐湖研究所、西北高原生物研究所、地质与地球物理研究所兰州油气资源研究中心、中科院国家科学图书馆兰州分馆。
　　这时期，院长程国栋、副院长何易（兼）、王学定、胡彦明，党组书记何易、成员程国栋、王学定、胡彦明。